小狗配种需要在适当的时间进行，通常来说，最佳的交配时间是在母犬发情期的第11-13天。在此期间，母犬的卵子最为成熟，也是最容易受精的时期。一般来说，交配后需要多久分开，这取决于狗狗的情况和繁殖计划。

首先，需要注意的是，交配后的狗狗需要进行一定的休息和恢复时间，以保证其身体健康和繁殖成功率。在交配后的2-3天内，狗狗应该保持安静，避免剧烈运动和过度活动，以免引起身体不适和流产等问题。

其次，如果您计划让母犬怀孕，那么建议将交配时间控制在母犬发情期的第11-13天，这样可以最大限度地提高怀孕成功率。一般来说，狗狗的妊娠期为63天左右，如果母犬在此期间有任何不适或异常，需要及时就医。

最后，如果您不打算让母犬怀孕，那么建议在交配后立即将狗狗分开，以避免不必要的麻烦和风险。此外，还需要注意狗狗的健康和疫苗接种情况，以免传染病毒和感染疾病。

总之，小狗配种需要根据狗狗的情况和繁殖计划来决定何时分开，建议在交配后给狗狗充分的休息和恢复时间，注意狗狗的健康和疫苗接种情况，以确保繁殖成功和狗狗的身体健康。

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